Hola a tod@s,
ya he encontrado la solución…por si alguien más se ve en esta situación.

Al parecer, para obtener la versión imprimible que lleva el QR, hay que entrar en la la web de AESA / Oficina Electrónica / Verificación de Documentos e ingresar el código de verificacion que viene al pie del certificado médico original (el que te envia AESA).

Tampoco habría estado de más el que expilicasen en el email la obligatoriedad de llevar la version imprimible (QR) y el proceso para obtenerla.

Teniendo en cuenta que es un email generado automaticamente, no les costaría nada.

Un saludo y espero que os ayude.

Cuando pasas el control médico, primero se recibe un email con una notificación de AESA en donde indican lo siguiente :

-EL NUEVO CERTIFICADO MEDICO  HA SIDO  EXPEDIDO YA COMO Certificado Médico DIGITAL Y SE LE HA NOTIFICADO  CON UN MAIL DE AESA A LA DIRECCION DE CORREO QUE FIGURA EN LA SOLICITUD Y A LA DEL PROPIO Médico Examinador Aéreo.

-Usted  TENDRÍA  QUE ACCEDER A LA SEDE ELECTRONICA DE AESA, para poder descargarse el certificado con UN CÓDIGO QR Y LA FIRMA DIGITAL DEL DOCTOR en un lateral del certificado,

Sede Electrónica AESA:

https://sede.seguridadaerea.gob.es

Y seguir los siguientes pasos :

1-VERIFICACION DE DOCUMENTOS 

2- INTRODUCIR EL CSV/CID QUE FIGURA EN EL PIE DEL CERTIFICADO MEDICO RECIBIDO EN PDF VIA MAIL DESDE AESA

3- DESCARGARSE LA VERSION IMPRIMIBLE y FIRMARLA A MANO!!!

Tu médico examinador podía haber puesto más texto por el mismo precio…!!!! 

Gracias por las respuestas