No veo porqué no, si las tienes certificadas como tales y el simulador está certificado como dices como FNPT II. En el log book tienes un campo destinado a «Synthetic Training Devices Session», precisamente para contabilizar las HV en esas condiciones.
Ahora bien, lo único que creo es que, de cara al CV., deberías especificar que se trata de horas de sim y no de vuelo real.
Saludos, y buenos vuelos!