Efectivamente, es así. Las horas en un simulador son eso; horas de simulador.
En general todos los cursos, desde el PPl al ATPL contemplan un determinado número de horas de sim, que deberá estar certificado como FNPT I, FNPTII (en el caso del MCC) o Full Flight (para las Habilitaciones de Tipo), pero nunca se consideran como horas de vuelo reales. Esas sólo son las que te subes a un avión, lo pones en marcha, despegas, vuelas y aterrizas. En suma, horas reales.
Saludos, y buenos vuelos!