Hasta donde yo se, España se puede -o podía- reservar el derecho de reconocer las habilitaciones obtenidas en otros paises JAA si no tiene un convenio de reconocimiento con éstos.
Por lo menos así funcionaba con las JAR (no tengo ni idea sin con la normativa EASA habrá cambiado algo), hasta el punto de que he visto gente viniendo a hacer aquí el ME/IR, examinarse, y luego regresar a su país (en este caso Italia) para que le insertasen las habilitaciones en su licencia italiana, ya que Italia -y la mayoría de paises JAA- no tenían estos absurdos prejuicios.
No se si te mi respuesta habrá servido de algo. También puedes probar en la DGAC (departamento de licencias), A ver que te dicen. Aunque para eso, ármate de paciencia…